Ovisno o specifičnim ciljevima projekta i/ili eksperimenta, eDNA Labs tim provodi analizu okolišne DNA od prikupljanja uzoraka do bioinformatičke analize.
U mogućnosti smo detektirati odabrane vrste koristeći PCR metode (ddPCR ili qPCR) i procijeniti sastav čitavih zajednica pomoću metoda sekvenciranja nove generacije. Od planiranja projekta do isporuke rezultata, eDNA Labs usluga prilagođena je Vašim potrebama, uz osiguranu stručnu podršku u svim dijelovima procesa.
USLUGE UZORKOVANJA
DETEKCIJA CILJANE VRSTE
Vrsno-specifični protokoli razvijeni za qPCR i ddPCR namijenjeni za detekciju:
- Invazivnih vrsta
- Bioindikatorskih vrsta
- Potočna pastrva (Salmo trutta)
- Lipljen (Thymallus thymallus)
- Mladica (Hucho hucho)
- Dvoprugasta uklija (Alburnoides bipunctatus)
- Klen (Squalius cephalus)
- Štuka (Esox lucius)
- Mrena (Barbus barbus)
- Linjak (Tinca tinca)
- Šaran (Cyprinus carpio)
- Vrste na temelju Vašeg interesa
MONITORING BIOLOŠKE RAZNOLIKOSTI
USLUGE SEKVENCIRANJA
BIOINFORMATIČKE USLUGE:
- Obrada podataka metabarkodiranja (12S rRNA, 16S rRNA, rbcL)
- Filtriranje neobrađenih očitanih sljedova
- Spajanje pair-end očitanih sljedova
- Derepliciranje
- Uklanjanje pogrešaka (uklanjanje šuma/klasteriranje)
- Uklanjanje kimernih sekvenci
- Taksonomska klasifikacija
USLUGE BARKODIRANJA (IDENTIFIKACIJA VRSTE)
Taksonomska identifikacija nepoznatog uzorka (ekstrakcija DNA, PCR amplifikacija, Sanger sekvenciranje).
RAZVOJ TESTA
Dizajn testa na temelju vaših potreba od in silico dizajna testa, dizajna početnica i probe, optimizacije i validacije testa do analize uzoraka.
Trebate više informacija o našim uslugama ili imate dodatnih pitanja? Kontaktirajte nas ednalabs@labena.hr.