Ovisno o specifičnim ciljevima projekta i/ili eksperimenta, eDNA Labs tim provodi analizu okolišne DNA od prikupljanja uzoraka do bioinformatičke analize.

U mogućnosti smo detektirati odabrane vrste koristeći PCR metode (ddPCR ili qPCR) i procijeniti sastav čitavih zajednica pomoću metoda sekvenciranja nove generacije. Od planiranja projekta do isporuke rezultata, eDNA Labs usluga prilagođena je Vašim potrebama, uz osiguranu stručnu podršku u svim dijelovima procesa.

USLUGE UZORKOVANJA

• eDNA izolacija

DETEKCIJA CILJANE VRSTE

Vrsno-specifični protokoli razvijeni za qPCR i ddPCR namijenjeni za detekciju:

• Invazivnih vrsta
• Bioindikatorskih vrsta
  • Potočna pastrva (Salmo trutta)
  • Lipljen (Thymallus thymallus)
  • Mladica (Hucho hucho)
  • Dvoprugasta uklija (Alburnoides bipunctatus)
  • Klen (Squalius cephalus)
  • Štuka (Esox lucius)
  • Mrena (Barbus barbus)
  • Linjak (Tinca tinca)
  • Šaran (Cyprinus carpio)
• Vrste na temelju Vašeg interesa

MONITORING BIOLOŠKE RAZNOLIKOSTI

USLUGE SEKVENCIRANJA

BIOINFORMATIČKE USLUGE:

• Obrada podataka metabarkodiranja (12S rRNA, 16S rRNA, rbcL)
• Filtriranje neobrađenih očitanih sljedova
• Spajanje pair-end očitanih sljedova
• Derepliciranje
• Uklanjanje pogrešaka (uklanjanje šuma/klasteriranje)
• Uklanjanje kimernih sekvenci
• Taksonomska klasifikacija

USLUGE BARKODIRANJA (IDENTIFIKACIJA VRSTE)

Taksonomska identifikacija nepoznatog uzorka (ekstrakcija DNA, PCR amplifikacija, Sanger sekvenciranje).

RAZVOJ TESTA

Dizajn testa na temelju vaših potreba od in silico dizajna testa, dizajna početnica i probe, optimizacije i validacije testa do analize uzoraka.

Trebate više informacija o našim uslugama ili imate dodatnih pitanja? Kontaktirajte nas ednalabs@labena.hr.